關于“地上無房屋，包括建筑物、構筑物及在建工程的國有土地使用權設定抵押，是否適用《城市房地產(chǎn)抵押管理辦法》”這一問題，需要從法律體系、抵押標的物性質以及相關法規(guī)的適用范圍等多個層面進行綜合分析。

從法律依據(jù)的層級與適用范圍來看，《城市房地產(chǎn)抵押管理辦法》（以下簡稱《辦法》）是由原建設部根據(jù)《中華人民共和國城市房地產(chǎn)管理法》、《中華人民共和國擔保法》等法律制定的部門規(guī)章。其名稱和立法目的明確指向“城市房地產(chǎn)”的抵押管理。根據(jù)該《辦法》第三條的規(guī)定，本辦法所稱房地產(chǎn)抵押，是指抵押人以其合法的房地產(chǎn)以不轉移占有的方式向抵押權人提供債務履行擔保的行為。這里的關鍵在于對“房地產(chǎn)”的理解。

對“房地產(chǎn)”概念的界定是核心。在我國法律實踐中，“房地產(chǎn)”一詞通常指房產(chǎn)與地產(chǎn)的統(tǒng)稱，二者在物理形態(tài)和法律權利上緊密關聯(lián)，即“房隨地走、地隨房走”的原則。這并不意味著土地和房屋在任何抵押情形下都必須捆綁。《辦法》所規(guī)范的“房地產(chǎn)抵押”，其抵押物應當是完成了房屋建設、具有合法權屬證明的房地產(chǎn)整體，或者是在建工程（屬于《辦法》第三章特別規(guī)定的范疇）。當?shù)盅簶说奈飪H為“干凈”的國有土地使用權（即地上無任何建筑物、構筑物及在建工程）時，該標的物的法律屬性是單一的土地使用權，而非“房地產(chǎn)”復合體。

針對純粹土地使用權的抵押，我國有更直接和專門的法律規(guī)定進行規(guī)范。根據(jù)《中華人民共和國城鎮(zhèn)國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》以及《中華人民共和國物權法》（現(xiàn)已被《中華人民共和國民法典》吸收整合）的相關規(guī)定，土地使用權可以單獨設定抵押。其抵押權的設立、登記、實現(xiàn)等，主要遵循《民法典》物權編關于抵押權的一般規(guī)定，以及國家關于土地登記的相關法規(guī)（如《不動產(chǎn)登記暫行條例》及其實施細則）。不動產(chǎn)登記機構在實踐中對此類抵押的登記審查，其直接依據(jù)也是土地管理及不動產(chǎn)登記方面的專門規(guī)定。

因此，綜合判斷：

1. 原則上不直接適用：對于地上完全沒有房屋（包括建筑物、構筑物）及在建工程的“干凈”國有土地使用權的抵押，其法律關系的核心是土地使用權的用益物權抵押，而非《城市房地產(chǎn)抵押管理辦法》立法意圖所重點規(guī)范的、與房屋緊密關聯(lián)的房地產(chǎn)抵押。此類抵押的設置與管理，主要依據(jù)《民法典》、《土地管理法》、《城鎮(zhèn)國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》以及不動產(chǎn)登記相關法規(guī)，而非《辦法》。

1. 可能存在參照適用：盡管不直接適用，《辦法》中關于抵押登記程序、抵押合同內(nèi)容等部分具有普適性的管理規(guī)定，在專門法律法規(guī)未作詳盡規(guī)定且不相沖突的情況下，在實踐中可能被登記機關或當事人作為操作層面的參考。但這屬于法理上的參照或借鑒，而非法律強制適用。

1. 在建工程是分水嶺：需要特別強調(diào)的是，如果土地上有“在建工程”，則情況完全不同。《辦法》第三章專門對“在建工程抵押”作出了明確規(guī)定。一旦涉及在建工程抵押，則必須適用《辦法》的相關特別規(guī)定。因此，問題中“包括……在建工程”的表述需要厘清：若抵押時標的物包含在建工程，則適用《辦法》；若抵押時明確排除在建工程，僅為土地使用權，則不適用。

結論：地上無任何房屋、建筑物、構筑物及在建工程的“干凈”國有土地使用權設定抵押，其主要法律依據(jù)并非《城市房地產(chǎn)抵押管理辦法》，而是《中華人民共和國民法典》、《中華人民共和國土地管理法》及土地使用權出讓轉讓相關法規(guī)。此類抵押活動應在不動產(chǎn)登記機構依法辦理土地使用權抵押登記，并遵循土地抵押的專門規(guī)定。